W pierwszych latach funkcjonowania Zachodnia Wyższa Szkoła Handlu i Finansów Międzynarodowych im. Jana Pawła II w Zielonej Górze miała strukturę bezwydziałową zarządzaną przez organ kolegialny - Senat i organy jednoosobowe - Kanclerza i Rektora, który jest przełożonym wszystkich pracowników i studentów.
Obowiązki Dziekana wypełniał Prorektor do Spraw Dydaktyki.
Od roku akademickiego 2005/2006 jest Uczelnią jednowydziałową, bowiem w ramach jej struktury wyodrębniono Wydział Ekonomii i Handlu Międzynarodowego, którym kieruje Dziekan Wydziału.
W 2009 roku powołany został Prorektor ds. Studenckich i Dydaktyki.
Obecnie w ramach Wydziału funkcjonują 2 katedry i 3 zakłady:
Katedra Matematyki i Zastosowań
Katedra Zarządzania i Ekonomii
Zakład Międzynarodowych Stosunków Gospodarczych i Integracji Europejskiej
Zakład Rachunkowości i Finansów
Zakład Gospodarowania i Nieruchomości